2010年冬在新疆考察，吴根耀在野外度过了他64岁生日。
由于后期改造的多期性和复杂性，我国不少地区油气勘探长期徘徊不前。为了改变勘探理论的贫乏，地质界有识之士曾从不同的侧面进行探索，其中包括一批到造山带去寻根并探讨“盆”“山”耦合的石油地质学家。中国科学院地质与地球物理研究所吴根耀研究员在与石油地质学家长期合作的基础上，最终集“盆”“山”耦合研究之大成，将“盆”“山”耦合综合升华为中国人首创的一种新地质理论。
吴根耀能首创“盆”“山”耦合新理论，首先在于他丰厚的科研积累。他曾分别从事过十余年的盆地研究和十余年的造山带研究，并开创了新的学术生长点—造山带地层学和造山带古地理学。由于我国及邻区是由不同起源的微大陆或陆块经多期增生—碰撞形成的复合大陆，盆地及盆内的含油气构造带必然受到多期改造，油气勘探必须正视“后天”改造对“先天”条件的破坏及造成的高风险性。在研究造山带时，吴根耀深感带内地质记录的缺失和无序，主动到盆地去寻找相应的记录来更完整地重塑造山带演化史。与石油地质学家的合作则使他从更高层次上去探索造山与盆地演化间统一的运动学过程和动力学机制，并在2000年提出了实施这一探索的4条途径，初步构建了“盆”“山”耦合的理论框架。
更为重要的是，吴根耀不仅善于总结正、反两方面的经验和教训，更敢于面对挑战主动出击，在“盆”“山”耦合的指引下解决石油地质勘探中遇到的各类问题。针对业已发现的油气藏的环状分布现象，吴根耀提出这是新生构造与继承性构造共同控制的结果，并以此为切入点，系统总结了陆表海盆地和陆相盆地中新生构造与继承性构造并存发育的不同典型实例，使“盆”“山”耦合从对盆地动态演化的研究深入和细化为对盆内含油气构造带的动态演化的研究。异常流体压力是近十余年里的一个研究热点，国内外都将之作为盆内现象来研究。吴根耀首次从“盆”“山”耦合角度探讨异常压力流体的动态演化，强调不同力学性质的盆地中异常高压有不同的成因，其分布和保存有不同的特点，并总结了研究异常压力演化史的地质学方法，使“盆”“山”耦合从对盆内含油气构造带的动态演化的研究进一步向储层和储层内流体的动态演化逼近。
第三，及时汲取各种新成果。吴根耀在把“盆”“山”耦合研究的3个主要方面即盆地的沉降机制、与造山过程同步的盆地动态演化和盆地沉积对造山作用的响应综合为一个理论体系的同时，还融汇吸纳了石油地质学关于“石油富集的黄金带”、“优相低势控油”和“多元控砂、主元成藏”等新思想。他还积极采用新的技术手段（如计算机模拟）来武装“盆”“山”耦合研究，并与传统的地质学方法互相补充，形成了“盆”“山”耦合特有的方法学。这使“盆”“山”耦合理论的内容迅速得以丰富和完善，在指导油气勘探的实践中更具可操作性。
第四，“盆”“山”耦合能在十余年里取得如此长足的进展，是因为吴根耀既有明确的目标，又有不倦前进的坚韧和毅力。目标包括：结合造山动力学解决盆地动力学的理论问题，指导油气勘探的生产实践。这两者相辅相成，可谓“理论高一步，勘探深一层”。为使“盆”“山”耦合研究不断深入，他不仅查阅了大量文献资料并试图在“盆”“山”耦合的理论框架内提出新的认识或解释，而且坚持脚踏实地的野外调查。2010年，吴根耀曾4次赴广西、南天山和塔里木等地野外考察，老骥伏枥之志可见一斑。
今天，“盆”“山”耦合不仅成为指导油气地质研究和勘探的新理论，而且在大地构造学、地震地质学、水文地质学和矿床地质学等领域内都开始显现其前瞻的学术意义。相信经过一代甚至几代有识之士的不懈努力，“盆”“山”耦合理论终将成为中国人首创的科技品牌。